cgatools::command::JunctionDiffConfig Member List

This is the complete list of members for cgatools::command::JunctionDiffConfig, including all inherited members.

calcFileStat_ (defined in cgatools::command::JunctionDiffConfig)	cgatools::command::JunctionDiffConfig
distanceTolerance_ (defined in cgatools::command::JunctionDiffConfig)	cgatools::command::JunctionDiffConfig
JunctionDiffConfig() (defined in cgatools::command::JunctionDiffConfig)	cgatools::command::JunctionDiffConfig	[inline]
junctionFiles_ (defined in cgatools::command::JunctionDiffConfig)	cgatools::command::JunctionDiffConfig
minJunctionLength_ (defined in cgatools::command::JunctionDiffConfig)	cgatools::command::JunctionDiffConfig
outPrefix_ (defined in cgatools::command::JunctionDiffConfig)	cgatools::command::JunctionDiffConfig
outputVcf_ (defined in cgatools::command::JunctionDiffConfig)	cgatools::command::JunctionDiffConfig
referenceFileName_ (defined in cgatools::command::JunctionDiffConfig)	cgatools::command::JunctionDiffConfig
scoreThresholds_ (defined in cgatools::command::JunctionDiffConfig)	cgatools::command::JunctionDiffConfig
vcfFilterScoreThreshold_ (defined in cgatools::command::JunctionDiffConfig)	cgatools::command::JunctionDiffConfig
vcfFilterSideLength_ (defined in cgatools::command::JunctionDiffConfig)	cgatools::command::JunctionDiffConfig
vcfNormalPriorityOutput_ (defined in cgatools::command::JunctionDiffConfig)	cgatools::command::JunctionDiffConfig