- a -

• add_back() : cgatools::command::Cigar
• addCall() : cgatools::variants::Locus , cgatools::variants::PhasedAllele
• addCallOffset() : cgatools::variants::Allele
• addField() : cgatools::util::DelimitedLineParser
• addFieldParsers() : cgatools::variants::Call
• addSequence() : cgatools::variants::PhasedAllele , cgatools::reference::CrrFileWriter
• Allele() : cgatools::variants::Allele
• allele() : cgatools::variants::PhasedAllele
• Allele() : cgatools::variants::Allele
• appendSequence() : cgatools::reference::CompactDnaSequence
• appendUnambiguousSequence() : cgatools::reference::CompactDnaSequence

- b -

• beginLocation() : cgatools::reference::Range
• buildPhasedHypotheses() : cgatools::variants::Superlocus

- c -

• Call() : cgatools::variants::Call
• calledSequence() : cgatools::variants::Call
• calls() : cgatools::variants::PhasedAllele
• clearCalls() : cgatools::variants::Allele , cgatools::variants::Locus
• close() : cgatools::reference::CrrFileWriter
• contains() : cgatools::reference::Range , cgatools::util::RangeSet
• CrrFileWriter() : cgatools::reference::CrrFileWriter
• currentVersion() : cgatools::reference::CrrFile

- d -

• data() : cgatools::util::Md5Digest
• DelimitedLineParser() : cgatools::util::DelimitedLineParser

- e -

• endLocation() : cgatools::reference::Range
• eof() : cgatools::variants::SuperlocusIterator
• exception() : cgatools::util::ValueField< Value >
• extendLeftBy3Mers() : cgatools::reference::CompactDnaSequence
• extendRightBy3Mers() : cgatools::reference::CompactDnaSequence

- f -

• findBestDiff() : cgatools::variants::PhasedHypothesis
• formatDescription() : cgatools::command::Command

- g -

• getAlleles() : cgatools::variants::Locus
• getAlleleSequence() : cgatools::variants::Allele
• getAmbiguousRegions() : cgatools::reference::CompactDnaSequence
• getBase() : cgatools::reference::CompactDnaSequence , cgatools::reference::CrrFile
• getCallOffsets() : cgatools::variants::Allele
• getCalls() : cgatools::variants::Locus
• getChromosomeId() : cgatools::reference::CrrFile
• getDigest() : cgatools::util::Md5Context
• getFields() : cgatools::util::DelimitedLineParser
• getHapLink() : cgatools::variants::Allele
• getHeader() : cgatools::variants::Call
• getId() : cgatools::variants::Locus , cgatools::variants::Superlocus
• getline() : cgatools::util::InputStream
• getLoci() : cgatools::variants::Superlocus
• getMatchTypeString() : cgatools::variants::CallDiffResult
• getMd5Digest() : cgatools::reference::CompactDnaSequence
• getMinScore() : cgatools::cgidata::ReferenceSupportReader
• getName() : cgatools::reference::CompactDnaSequence , cgatools::command::Command
• getPloidy() : cgatools::variants::Locus
• getRange() : cgatools::variants::Locus , cgatools::variants::PhasedHypothesis , cgatools::variants::Superlocus
• getReference() : cgatools::variants::Locus
• getReferenceLength() : cgatools::command::Cigar
• getRefSequence() : cgatools::variants::Allele
• getScore() : cgatools::cgidata::EvidenceIntervalsReader
• getSequence() : cgatools::reference::CrrFile , cgatools::reference::CompactDnaSequence
• getSequenceLength() : cgatools::command::Cigar
• getShortDescription() : cgatools::command::Command
• getSimpleMatchTypeString() : cgatools::variants::CallDiffResult
• getUnambiguousBase() : cgatools::reference::CompactDnaSequence
• getUnambiguousSequence() : cgatools::reference::CompactDnaSequence

- h -

• hasHapLink() : cgatools::variants::PhasedAllele
• hasNoCalls() : cgatools::variants::Allele , cgatools::variants::Locus
• help() : cgatools::command::Command
• hex() : cgatools::util::Md5Digest
• hexDigest() : cgatools::util::Md5Context

- i -

• init() : cgatools::util::Md5Context
• initFromCalls() : cgatools::variants::Locus
• intersects() : cgatools::util::RangeSet , cgatools::reference::Range
• isCircular() : cgatools::reference::CompactDnaSequence
• isNoCallLocus() : cgatools::variants::Locus
• isRefCallLocus() : cgatools::variants::Locus
• isRefConsistent() : cgatools::variants::Call , cgatools::variants::Locus

- l -

• length() : cgatools::reference::CompactDnaSequence , cgatools::reference::Range
• listChromosomes() : cgatools::reference::CrrFile
• listContigs() : cgatools::reference::CrrFile
• locationCalls() : cgatools::variants::Locus
• Locus() : cgatools::variants::Locus

- m -

• Md5Context() : cgatools::util::Md5Context
• Md5Digest() : cgatools::util::Md5Digest
• mergeMatchTypes() : cgatools::variants::CallDiffResult

- n -

• newChromosome() : cgatools::reference::CrrFileWriter

- o -

• open() : cgatools::util::CompressedInputStream , cgatools::util::CompressedOutputStream
• openBZ2() : cgatools::util::CompressedOutputStream , cgatools::util::CompressedInputStream , cgatools::util::CompressedOutputStream
• openCompressedInputStreamByExtension() : cgatools::util::InputStream
• openCompressedOutputStreamByExtension() : cgatools::util::OutputStream
• openStdin() : cgatools::command::Command
• openStdout() : cgatools::command::Command
• operator()() : cgatools::command::Command
• operator*() : cgatools::variants::SuperlocusIterator
• operator++() : cgatools::variants::SuperlocusIterator
• operator->() : cgatools::variants::SuperlocusIterator
• operator=() : cgatools::variants::Locus
• operator[]() : cgatools::variants::PhasedHypothesis
• overlappingRange() : cgatools::reference::Range

- p -

• parse() : cgatools::reference::ChromosomeIdField , cgatools::util::DelimitedFieldParser , cgatools::util::ValueField< Value > , cgatools::util::StringField , cgatools::util::IgnoreField , cgatools::util::StrandField , cgatools::util::CharField
• parseLine() : cgatools::util::DelimitedLineParser
• PhasedAllele() : cgatools::variants::PhasedAllele
• PhasedHypothesis() : cgatools::variants::PhasedHypothesis
• pos() : cgatools::variants::PhasedAllele

- r -

• refSequence() : cgatools::variants::Call
• requireParam() : cgatools::command::Command
• run() : cgatools::command::SnpDiff , cgatools::command::Map2Sam , cgatools::command::ListVariants , cgatools::command::ListCrr , cgatools::command::Fasta2Crr , cgatools::command::Evidence2Sam , cgatools::command::DecodeCrr , cgatools::command::Crr2Fasta , cgatools::command::Command , cgatools::command::CallDiff , cgatools::command::TestVariants

- s -

• seek() : cgatools::cgidata::ReferenceSupportReader
• seekFirst() : cgatools::variants::SuperlocusIterator
• set() : cgatools::util::Md5Digest
• setField() : cgatools::util::DelimitedLineParser
• setHapLink() : cgatools::variants::Locus
• setId() : cgatools::variants::Locus
• setLocus() : cgatools::variants::Allele
• setRange() : cgatools::variants::Locus
• setVariantFile() : cgatools::variants::SuperlocusIterator
• setVariantFiles() : cgatools::variants::SuperlocusIterator
• size() : cgatools::variants::PhasedHypothesis , cgatools::util::Md5Digest
• skipToVariant() : cgatools::variants::SuperlocusIterator
• Superlocus() : cgatools::variants::Superlocus
• SuperlocusIterator() : cgatools::variants::SuperlocusIterator

- u -

• update() : cgatools::util::Md5Context

- v -

• validate() : cgatools::reference::CompactDnaSequence , cgatools::reference::CrrFile

- w -

• write() : cgatools::variants::Call

- ~ -

• ~Command() : cgatools::command::Command