- a -

• ALL_HAPLOTYPES : cgatools::variants::Call
• alleleSeq_ : cgatools::variants::Call

- b -

• begin_ : cgatools::reference::Range

- c -

• callClass_ : cgatools::variants::CallDiffResult
• chromosome_ : cgatools::reference::Location , cgatools::reference::Range
• code_ : cgatools::reference::AmbiguousRegion

- e -

• end_ : cgatools::reference::Range

- h -

• hapLink_ : cgatools::variants::Call
• haplotype_ : cgatools::variants::Call

- l -

• length_ : cgatools::reference::AmbiguousRegion
• lhs_ : cgatools::variants::AlleleDiffSegment
• lhsCalls_ : cgatools::variants::AlleleDiffSegment
• lhsOffset_ : cgatools::variants::CallDiffResult
• locus_ : cgatools::variants::Call

- m -

• matchType_ : cgatools::variants::CallDiffResult

- n -

• name_ : cgatools::util::DelimitedFieldParser

- o -

• offset_ : cgatools::reference::AmbiguousRegion , cgatools::reference::Location

- p -

• perm_ : cgatools::variants::CallDiffResult
• ploidy_ : cgatools::variants::Call

- r -

• range_ : cgatools::variants::Call
• ref_ : cgatools::variants::AlleleDiffSegment
• reference_ : cgatools::variants::Call
• rhs_ : cgatools::variants::AlleleDiffSegment
• rhsCalls_ : cgatools::variants::AlleleDiffSegment
• rhsOffset_ : cgatools::variants::CallDiffResult

- t -

• totalScore_ : cgatools::variants::Call

- u -

• UNKNOWN_PLOIDY : cgatools::variants::Call

- v -

• varType_ : cgatools::variants::Call

- x -

• xRef_ : cgatools::variants::Call