- a -

• ALL_HAPLOTYPES : cgatools::variants::Call
• alleleSeq_ : cgatools::variants::Call
• annotationHeaders_ : cgatools::junctions::JunctionFile
• annotations_ : cgatools::junctions::Junction
• assembledSequence_ : cgatools::junctions::Junction

- b -

• begin_ : cgatools::reference::Range

- c -

• callClass_ : cgatools::variants::CallDiffResult
• chromosome_ : cgatools::reference::Location , cgatools::reference::Range
• code_ : cgatools::reference::AmbiguousRegion

- e -

• end_ : cgatools::reference::Range
• extras_ : cgatools::variants::Locus

- f -

• fileName_ : cgatools::junctions::JunctionFile

- h -

• hapLink_ : cgatools::variants::Call
• haplotype_ : cgatools::variants::Call
• header_ : cgatools::junctions::JunctionFile
• hyp_ : cgatools::variants::CallDiffResult

- j -

• junctions_ : cgatools::junctions::JunctionFile

- l -

• length_ : cgatools::reference::AmbiguousRegion
• lhs_ : cgatools::variants::AlleleDiffSegment
• lhsCalls_ : cgatools::variants::AlleleDiffSegment
• locus_ : cgatools::variants::Call

- m -

• matchType_ : cgatools::variants::CallDiffResult
• matchTypeBySegment_ : cgatools::variants::CallDiffResult
• metadata_ : cgatools::junctions::JunctionFile

- n -

• name_ : cgatools::util::DelimitedFieldParser

- o -

• offset_ : cgatools::reference::AmbiguousRegion , cgatools::reference::Location

- p -

• ploidy_ : cgatools::variants::Call

- r -

• range_ : cgatools::variants::Call
• ref_ : cgatools::variants::AlleleDiffSegment
• reference_ : cgatools::variants::Call
• rhs_ : cgatools::variants::AlleleDiffSegment
• rhsCalls_ : cgatools::variants::AlleleDiffSegment

- s -

• score_ : cgatools::junctions::Junction
• sourceId_ : cgatools::junctions::JunctionRef

- t -

• totalScore_ : cgatools::variants::Call
• transitionIsKnown_ : cgatools::junctions::Junction
• transitionLength_ : cgatools::junctions::Junction
• transitionSequence_ : cgatools::junctions::Junction

- u -

• UNKNOWN_PLOIDY : cgatools::variants::Call

- v -

• varType_ : cgatools::variants::Call

- x -

• xRef_ : cgatools::junctions::Junction , cgatools::variants::Call