Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

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• getAlleles() : cgatools::variants::Locus
• getAlleleSequence() : cgatools::variants::Allele
• getAmbiguousRegions() : cgatools::reference::CompactDnaSequence
• getBase() : cgatools::reference::CompactDnaSequence , cgatools::reference::CrrFile
• getCallOffsets() : cgatools::variants::Allele
• getCalls() : cgatools::variants::Locus
• getChromosomeId() : cgatools::reference::CrrFile
• getDigest() : cgatools::util::Md5Context
• getFields() : cgatools::util::DelimitedLineParser
• getHapLink() : cgatools::variants::Allele
• getHeader() : cgatools::variants::Call
• getId() : cgatools::variants::Locus , cgatools::variants::Superlocus
• getline() : cgatools::util::InputStream
• getLoci() : cgatools::variants::Superlocus
• getMatchTypeString() : cgatools::variants::CallDiffResult
• getMd5Digest() : cgatools::reference::CompactDnaSequence
• getMinScore() : cgatools::cgidata::ReferenceSupportReader
• getName() : cgatools::reference::CompactDnaSequence , cgatools::command::Command
• getPloidy() : cgatools::variants::Locus
• getRange() : cgatools::variants::Locus , cgatools::variants::PhasedHypothesis , cgatools::variants::Superlocus
• getReference() : cgatools::variants::Locus
• getReferenceLength() : cgatools::command::Cigar
• getRefSequence() : cgatools::variants::Allele
• getScore() : cgatools::cgidata::EvidenceIntervalsReader
• getSequence() : cgatools::reference::CrrFile , cgatools::reference::CompactDnaSequence
• getSequenceLength() : cgatools::command::Cigar
• getShortDescription() : cgatools::command::Command
• getSimpleMatchTypeString() : cgatools::variants::CallDiffResult
• getUnambiguousBase() : cgatools::reference::CompactDnaSequence
• getUnambiguousSequence() : cgatools::reference::CompactDnaSequence