- r -

• randomGaps() : cgatools::mapping::GapEst::GapsEstimator
• read() : cgatools::junctions::JunctionFile
• refSequence() : cgatools::variants::Call
• regroupMappings() : cgatools::mapping::MergedMap2SamConverter
• reorderAlleles() : cgatools::variants::Locus
• requireParam() : cgatools::command::Command
• reweightDoubleArmMappings() : cgatools::mapping::MergedMap2SamConverter
• reweightSingleMappings() : cgatools::mapping::MergedMap2SamConverter
• run() : cgatools::command::JunctionType , cgatools::command::JunctionDiff , cgatools::command::JunctionCmp , cgatools::command::Join , cgatools::command::Fasta2Crr , cgatools::command::Evidence2Sam , cgatools::command::Evidence2Cache , cgatools::command::DecodeCrr , cgatools::command::Crr2Fasta , cgatools::command::Command , cgatools::command::CallDiff , cgatools::command::VarFileCombine , cgatools::command::Map2Sam , cgatools::command::TestVariants , cgatools::command::SnpDiff , cgatools::command::MergedMap2Sam , cgatools::command::ListVariants , cgatools::command::ListCrr