- s -

• seek() : cgatools::cgdata::ReferenceSupportReader
• seekFirst() : cgatools::variants::SuperlocusIterator
• seekToChr() : cgatools::cgdata::EvidenceReader
• set() : cgatools::util::Md5Digest
• setField() : cgatools::util::DelimitedLineParser
• setHapLink() : cgatools::variants::Locus
• setId() : cgatools::variants::Locus
• setInterval() : cgatools::mapping::AlleleSequenceAligner
• setLocus() : cgatools::variants::Allele
• setRange() : cgatools::variants::Locus
• setVariantFile() : cgatools::variants::SuperlocusIterator
• setVariantFiles() : cgatools::variants::SuperlocusIterator
• size() : cgatools::variants::PhasedHypothesis , cgatools::util::IntervalTree< TRange, TBoundary, TValue, Overlap, GetBoundary, BoundaryLess > , cgatools::util::Md5Digest
• skipToVariant() : cgatools::variants::SuperlocusIterator
• sort() : cgatools::util::DelimitedFileMetadata
• splitList() : cgatools::junctions::FullGenomeJunctionComparator
• StringSet() : cgatools::util::StringSet
• Superlocus() : cgatools::variants::Superlocus
• SuperlocusIterator() : cgatools::variants::SuperlocusIterator
• swap() : cgatools::util::IntervalTree< TRange, TBoundary, TValue, Overlap, GetBoundary, BoundaryLess >